Ngoài ra, sở còn tổ chức vận hành các van ngăn triều đã được lắp đặt tại các cửa xả, vận hành tất cả trạm bơm cố định để thoát nước, xây dựng các đoạn đê tạm ngăn triều tràn bờ. Phối hợp với các đơn vị để cảnh báo, hướng dẫn người tham gia giao thông qua các khu vực ngập, tổ chức vận hành trạm bơm chống ngập tại đường Nguyễn Hữu Cảnh.
Tính đến ngày 30-9, Trung tâm Quản lý hạ tầng kỹ thuật của sở đã triển khai thực hiện công tác duy tu, sửa chữa, nạo vét hệ thống thoát nước có trọng tâm, ưu tiên các vị trí thường xuyên bị ngập. Cụ thể, duy tu hơn 533.000 m cống thoát nước, nạo vét hơn 136.000 máng, hơn 25.500 hầm ga, thay thế, sửa chữa khuôn, nắp hầm ga, lưới chắn rác…
Đồng thời, vận hành 1.077 van ngăn triều, 34 trạm bơm với 39 máy bơm cố định và di động (công suất từ 168 m3/giờ đến 84.000 m3/giờ, tổng công suất 302.880 m3/giờ). Cùng với đó là việc vận hành đồng bộ năm cống kiểm soát triều lớn (Bình Triệu, Bình Lợi, Rạch Lăng, Rạch Nhảy - Ruột Ngựa, Nhiêu Lộc - Thị Nghè). Trung tâm cũng đã xử lý 347 sự cố liên quan đến hệ thống thoát nước.